Az NKFI Hivatal egységes versenypályázati rendszert alakított ki Gazdaságfejlesztési és Innovációs Operatív Program (GINOP) és a Versenyképes Közép-Magyarország Operatív Program (VEKOP) uniós fejlesztési forrásainak, valamint az NKFI Alap hazai forrásainak koordinált, célszerű és értékteremtő felhasználására. A KFI célú forrásokból kizárólag a stratégiai szempontok alapján kialakított versenypályázati portfólió felhívásain keresztül, szigorú értékelési kritériumok alapján nyerhetők el támogatások. Ezek a felhívások a felfedező kutatásokat, a házon belül vagy kutatói-ipari együttműködésben megvalósuló célzott fejlesztéseket és az innovatív ötletek felszínre kerülését egyaránt ösztönzik.
A különböző forrásból finanszírozott pályázati koncepciók elkészítése szakpolitikai felelősként 2018 júniusáig az NKFI Hivatal feladata: ez biztosította a célok és az eszközök egységes, összehangolt, rendszerszemléletű kezelését. Az NKFI Hivatal versenypályázati portfóliójának elemei igazodnak az Európai Unió 2014-2020-as tervezési ciklusának követelményeihez, emellett olyan tudatos és korszerű finanszírozási megoldásokkal szolgálnak, amelyekbe beépültek a korábbi, kevésbé sikeres támogatási eszközök és konstrukciók tanulságai is. Az egyes fejlesztéspolitikai tárgyú kormányrendeleteknek a kormányzati szerkezetátalakítással összefüggő módosításáról szóló 106/2018. (VI. 15.) Korm. rendelet szerint a GINOP és a VEKOP 2. prioritásai (kutatás, technológiai fejlesztés és innováció) esetében 2018. június 16-tól az NKFI Hivatal helyett az Innovációs és Technológiai Minisztérium a szakpolitikai felelős.
A szakpolitikai tervezés során kiemelt szempontként szerepelt a Kormány által 2014-ben elfogadott Nemzeti Intelligens Szakosodási Stratégia (Nemzeti S3) célkitűzéseinek érvényesítése. Ez a dokumentum széleskörű társadalmi konzultáció eredményeként határozza meg a regionális adottságok mentén kijelölt specializációs irányokat, ágazati és horizontális prioritásokat. A Nemzeti S3 összetevői:
- Regionális tipizálás adottságok szerint: Tudásrégiók; Ipari termelési zónák; Alacsony tudás- és technológia-intenzitású régiók
- Nemzeti specializációs irányok: Rendszerszemléletű kutatás; Intelligens gyártás; Fenntartható társadalom
- Ágazati prioritások: Egészség-jólét; Jármű- és gépipar; Megújuló energiák; Fenntartható környezet; Élelmiszeripar; Agrár-innováció
- Horizontális prioritások: Infokommunikációs technológiák; Fenntartható társadalom, élhető környezet
A Nemzeti S3 elfogadása és következetes szem előtt tartása – többek közt a KFI célú pályázati portfólió kialakításában – nem csak adottságaink és lehetőségeink hatékonyabb kiaknázását teszi lehetővé, de az uniós források lehívásának is előfeltétele volt.