A tudományos kutatásról, fejlesztésről és innovációról szóló 2014. évi LXXVI. törvény (KFItv.) szerint a Nemzeti Kutatási, Fejlesztési és Innovációs Alap felfedező kutatásokat ösztönző felhívásaira benyújtott pályázatok értékelése anonim szakértők közreműködésével, testületi értékelések (értékelői panel) keretében történik.

A pályázatokat formailag az NKFI Hivatal munkatársai, tartalmilag az NKFI Hivatal által felkért szakterületi kollégiumok és azok szakértői értékelik.  

A pályázó kutató az Elektronikus Pályázatkezelő Rendszerben (EPR) a pályázat benyújtásával egyidejűleg javaslatot tesz a pályázata tudományterületi besorolására szakterületi kollégium és szakértői csoport szerint, amelyet a javasolt szakértői csoport megvizsgál. Amennyiben a szakértői csoport a pályázat értékeléséhez szükséges kompetenciaterületet illetően nem ért egyet a pályázó javaslatával, további szakértői csoportokkal egyeztetve az eredetileg a pályázó által javasolttól eltérő szakértői csoporthoz is besorolhatja a pályázatot. Abban az esetben, ha a felfedező kutatásokat ösztönző felhívásokra több olyan pályázat érkezik, amelynek szakterületi besorolása nem egyértelmű, vagy nem sorolható be egyik szakértői csoporthoz sem, az NKFI Hivatal ezek értékelésére interdiszciplináris bizottságot hívhat össze, amelyben az érintett pályázatok szakterületeinek szakértői kapnak helyet. 

A benyújtott pályázatokat az adott szakértői csoport tagjai a vonatkozó pályázati kiírásban közzétett értékelési szempontrendszer szerint  egyenként értékelik és rangsorolják. A szakértői csoportok értékelői munkájuk során – a pályázati kiírásban meghatározottak szerint – igénybe vehetik további külső (hazai és/vagy külföldi) anonim szakértők véleményét. A felfedező kutatásokat ösztönző felhívásokra benyújtott pályázatokat – felhívási konstrukciótól függően – általában 2-4 anonim szakértő értékeli. A pályázatokhoz a külső szakértőket  a szakértői csoport tagjainak javaslatára a szakértői csoport elnöke kéri fel. A nemzetközi tagokkal bővült szakértői csoportok általában külső szakértők nélkül bírálják el a pályázatokat. 

Az anonim értékelők az adott pályázatot a kiírásban közzétett értékelési szempontrendszer alapján, az értékelők számára készített nyilvános értékelési útmutató ajánlásai szerint értékelik. Az NKFI Hivatal az egyes pályázati konstrukciók szakmai értékelésének éves összegző értékelési tapasztalatai nyomán (KFI Versenypályázati tükör rendezvények prezentációi: 2018, 2017) törekszik arra, hogy egy-egy anonim szakértő lehetőség szerint 6-11 pályázatot értékeljen, hogy egy adott szakterületen az egyes pályázatokat egymással is összehasonlítva tudja pontozni. Az értékelők számára készített útmutatóban az NKFI Hivatal felhívja a figyelmet az egyes pontszámokhoz tartozó leírásnak („jelentésnek”) megfelelő pontozás fontosságára, továbbá a reálisan kiválasztott értékelési tartomány jelentőségére. 

A szakértői csoport tagjai mint az egyes pályázatokhoz felkért referálók a testületi ülésen értékelik az anonim szakértői értékelések erősségeit/hiányosságait és egyenként megvitatják  az egyes pályázatokat, amely alapján a szakértői csoport egymással összeméri és rangsorolja a pályázatokat.  

A kollégiumok a szakértői csoportok pályázati értékelési eredményei és rangsorolása alapján tesznek javaslatot az NKFI Hivatal elnökének az egyes pályázatok támogatására. Az NKFI Hivatal elnöke által meghozott támogatói döntést  követően a pályázók megtekinthetik pályázatuk értékelését.

Bölcsészet- és Társadalomtudományok Kollégiumához tartozó szakértői csoportok

Állam, Jog és Politika (ÁJP)
Állam- és Jogtudomány, Politikatudomány, Hadtudomány

Gazdaság (GAZD)
Gazdálkodástudomány, Közgazdaságtudomány

Irodalom (IROD)
Irodalomtudomány, Könyvtártudomány, Színház- és Filmtudomány

Kultúra (KULT)
Filozófia, Művészettörténet, Kulturális Antropológia, Néprajz, Vallástudomány/Hittudomány, Zenetudomány

Nyelvészet (NYELV)
Nyelvtudomány

Pszichológia–Nevelés (PSZINEV)
Pszichológia, Neveléstudomány

Régészet (RÉG)
Régészet

Társadalom (TÁRS)
Szociológia, Demográfia

Történelem (TÖRT)
Történettudomány

Műszaki és Természettudományok Kollégiumához tartozó szakértői csoportok

Informatikai–Villamosmérnöki (IVM)
Anyagtudomány és Technológia (Elektronika), Automatizálás és Számítástechnika, Elektronikus Eszközök és Technológiák, Elektrotechnika, Informatika, Távközlés

Fizika (FIZ)
Anyagtudomány és Technológia (fizika), Csillagászat, Fizika, Szilárdtestfizika, Biológiai fizika, Részecskefizika, Magfizika, Asztrofizika

Gépész-, Építő-, Építész és Közlekedésmérnöki (GÉK)
Közlekedéstudomány, Műszaki Mechanika, Vízgazdálkodás, Építészettörténet és Elmélet, Építészettudomány, Anyagtudomány és Technológia (gépészet-kohászat), Energetika, Gépszerkezettan, Metallurgia, Szál- és Rosttechnológa, Áramlás és Hőtechnika

Kémia 1 (KM1)
Analitikai Kémia, Szervetlen Kémia, Szerkezetvizsgáló módszerek, Fizikai kémia és Elméleti kémia, Anyagtudomány (Kémia), Kolloidkémia, Radiológia

Kémia 2 (KM2)
Makromolekuláris Kémia és Anyagtudomány (szerves), Szerves- biomolekuláris- és gyógyszerkémia, Biokémia és Élelmiszerkémia, Műszaki Kémia, Szerves kémiai technológia és gyógyszertechnológia, A kémia biológiai alkalmazásai

Matematika–Számítástudomány (MAT)
Matematika, Operációkutatás, Számítástudomány

Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiumához tartozó szakértői csoportok

Élettan, Kórélettan, Gyógyszertan és Endokrinológia (ÉLETTAN)
Szervélettan, Kórélettan, Endokrinológia, Anyagcsere, Öregedés

Genetika, Genomika, Bioinformatika és Rendszerbiológia (GÉNINFO)
Molekuláris genetika, Populációgenetika, Genomika, Transzkriptomika, Proteomika, Metabolomika, Bioinformatika, Számítógépes biológia, Biostatisztika, Biológiai modellezés és szimuláció, Rendszerbiológia, Genetikai epidemiológia

Idegtudományok (IDEGT)
Neurobiológia, Neuroanatómia, Idegélettan, Neurokémia, Neurofarmakológia, Agyi képalkotás, Rendszerszintű idegtudomány, Neurológiai és pszichiátriai betegségek biológiai alapjai, Klinikai neurológia

Immunológia és Mikrobiológia (IMMUN)
Az immunrendszer és betegségei, Kórokozók és fertőző betegségek, Mikrobiológia

Klinikai Orvostudományok (KLINO)
A betegségek etiológiája, diagnózisa és kezelése (kivéve a betegségek biológiai alapjait, illetve az IDEGT, KARDIO és ONKO szakértői csoportokhoz tartozó klinikai területeket), Klinikai gyógyszertan, Alkalmazott orvosi technológia, Közegészségtan

Molekuláris és Szerkezeti Biológia, Biokémia (MOLBI)
Molekuláris szintézis, módosítás és kölcsönhatás, Biokémia, Biofizika, Szerkezeti biológia, Anyagcsere, Jelátvitel

Sejt- és Fejlődésbiológia (SEJTBIOL)
Sejtbiológia, Sejtélettan, Jelátvitel, Organogenezis, Fejlődésgenetika, Mintázatképződés, Őssejtbiológia

Kardiológia (KARDIO)
Kardiovaszkuláris rendszer, Szív- és érrendszeri betegségek

Onkológia és Tumorbiológia (ONKO)
Tumorbiológia, Daganatképződés, Onkológia

Komplex Környezettudományi Kollégiumhoz tartozó szakértői csoportok (agrártudomány, földtudomány, ökológia)

Növénytermesztés, állattenyésztés (NÖVÁLL)
A növénynemesítés és állattenyésztés biológiai alapjait feltáró kutatások területe. A kutatások magukba foglalják az állatorvos-tudományi, molekuláris biológiai, élettani és genomikai kutatásokat, elsősorban gazdaságilag fontos fajokat célozva.

Komplex agrártudomány (KOMPAGR)
Talajtan, Erdészet, Növénykórtan, Növényi stresszbiológia, Növényvédelmi állattan, Agrokémia, Agrometeorológia, Agrárműszaki tudományok

Földtudományok 1 (GEOINT)
Geológia, Geofizika, Geokémia, Szedimentológia, Őslénytan, Földtörténet, Bányászat

Földtudományok 2 (GEOEXT)
Természetföldrajz, Geodézia, Meteorológia, Kartográfia

Ökológia és evolúció (ÖKOEVO)
Populációbiológia, Filogenetika, Szisztematika, Taxonómia, Természetvédelmi biológia, Hidrobiológia, Alkalmazott ökológia, Környezeti biológia, Közösségökológia, Evolúciós ökológia, Biogeográfia, Etológia, Viselkedésökológia, Elméleti biológia

Komplex tértudományok (TÉR)
Regionális Tudomány, Társadalomföldrajz, Településtudomány