Az NKTH feladata a Kormány tudomány- és technológiapolitikájának a stratégiai előkészítése és végrehajtása az új nemzeti innovációs rendszer keretein belül. A Kormány célja a tartós növekedés feltételeinek a megteremtése, és erre alapozottan a társadalmi jólét fenntartható növelése, egy versenyképes, innovatív termékekre épülő gazdaság megteremtésével. Az elmúlt években, az NKTH két nagyobb reformot indított el: egységes jogszabályi környezet megvalósításáért, valamint stratégiai célokat figyelembevevő pályázati programok, illetve egyszerűbb és átláthatóbb támogatási rendszer kialakításáért.
Az NKTH stratégiájának pillérei a kutatási eredmények gazdasági hasznosítása, a kiemelt célterületekre való fókuszálás, valamint a regionalitás. A 2006-os pályázati programjaink megvalósítására irányuló kötelezettségvállalás: 33,8 Mrd Ft.
2006. évi pályázati programjaink a stratégiai célrendszerben:
(A koordináta rendszerben megjelenített programok és pályázati rendszerek mérete a támogatások összegével arányos.)