A NIH SzMSz-e szerint a Hivatalt egy elnök és két elnökhelyettes vezeti. 2012 decembere óta az elnöki pozíció betöltetlen, Korányi László kül- és belkapcsolati elnökhelyettes korábbi feladatai mellett, mint megbízott látta el teljes körűen az elnöki feladatokat. Az elnökhelyettesek – akiket szintén a nemzetgazdasági miniszter nevezett ki – változatlanul folytatják eddigi területeiken a munkát a Kormány által 2013 júniusában elfogadott „Befektetés a jövőbe” című KFI stratégia által megszabott irányok szerint.

A NIH 2014-es kiemelt feladatai között szerepel a startup ökoszisztéma építésében elkezdett inkubátor program folytatása, a Runway Budapest dokumentumban megfogalmazott további tervek megvalósítása, valamint a Horizont2020 és a GINOP programok minél sikeresebb hazai elindításának támogatása. Mindezek - az eddigiekhez hasonlóan – az NGM Parlamenti és Gazdaságstratégiai Államtitkárságával szoros együttműködésben fognak folyni.