Rágalmazás vétsége alapos gyanújával eljárás indult a 2006. 01. 10-én a Magyar Nemzetben megjelent „Intelligens művégtag” című cikk kapcsán. A cikkben az szerepelt, hogy az NKTH nem szívesen költ ígéretes projektekre, valamint a riportalany, Dr. Páli Jenő pályázatát nem létező, formai okra hivatkozva utasította el.

A bírósági eljárás során a Magyar Nemzet újságírója Kristály Lehel, illetve a riportalany, Dr. Páli Jenő elismerték hogy hibáztak és sajnálatukat fejezték ki a téves információk közzététele miatt.

„Sajnálkozásomat fejezem ki a 2006. 01. 10-i Intelligens művégtag című cikkemben foglaltakkal kapcsolatban, mivel a nyilatkozó téves információit közzétettem” – mondta Kristály Lehel.

„…sajnálatomat fejezem ki az általam használt „nem létező, mondvacsinált” szavak miatt, elismerem, ezek sértőek lehettek az NKTH-ra nézve.” – fejezte ki bocsánatkérését Dr. Páli Jenő.

Az NKTH a fentiekre való tekintettel hozzájárult az eljárás megszüntetéséhez.

A Hivatal, küldetésének megfelelően tevékenykedik az eredményorientált, és átlátható pályázati rendszer működtetésén, annak egyértelmű, világos kommunikációján Magyarország versenyképességének növelése érdekében.