Az 5. prioritás tematikája:

• Élelmiszerrel kapcsolatba hozható betegségek és allergiák epidemiológiája
• Az élelmiszerek hatása az egészségre
• Élelmiszerek nyomon-követhetősége a termelési lánc folyamán
• Kimutatási és analitikai módszerek az élelmiszerellenőrzésben és minőségbiztosításban
• Környezetbarát és biztonságosabb élelmiszer-előállítási módszerek és technológiák az egészségesebb élelmiszerek előállítására
• Az állati takarmányok hatása az emberi egészségre
• Az élelmiszerek környezetből származó egészségügyi kockázatai

A prioritásra előirányzott keretösszeg a program futamidejére: 753 millió EUR

A felhívások 2002-től folyamatosan jelentek meg, az utolsó tematikus felhívás 2006. február 15-én zárult. Jelenleg az FP6-2006-TTC-TU-Priority-5 felhívás keretében lehet pályázni, amely célzott harmadik országbeli partnerek részvételét kívánja elősegíteni azokban, a tematikus prioritásokhoz tartozó projektekben, amelyek szerződését már aláírták vagy tárgyalás alatt állnak.